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RNAmmer这款rRNA预测软件只有大学和科研机构的用户可以免费使用。本着开源的精神，有个科研团队开发了barrnap这款软件，完全开源免费，github链接如下

https://github.com/tseemann/barrnap

该软件支持以下类型的rRNA的预测

1. bacteria (5S,23S,16S),

2. archaea (5S,5.8S,23S,16S),

3. metazoan mitochondria (12S,16S)

4. eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

和RNAmmer相比，除了基础的细菌，古菌，真核生物外，新增了线粒体生的rRNA预测。

该软件采用perl语言开发，依赖nhmmer和bedtools,安装过程如下

git clone https://github.com/tseemann/barrnap

通过git将源代码下载到本地即可，在bin目录下，就是可执行程序。需要注意的是，要确保nhmmer和bedtools这两个软件已经安装，并且将对应的路径添加到PATH环境变量中。

软件的基本用法如下

barrnap --kingdom bac  --threads 8 --quiet small.fna  > rRNA.gff3

--kingdom参数指定物种类型，bac代表细菌，arc代表古菌，euk代表真核生物，mito代表后生动物线粒体；--threads指定并行的线程数。

预测结果以GFF3格式保存，示例如下

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网页名称：barrnap是如何预测基因组上的核糖体RNA
文章位置：http://cdweb.net/article/piesdc.html