circRNA_finder中如何识别环状RNA,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。
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STAR是一款转录组数据的比对软件,其支持嵌合体的比对方式,也就是说支持一条reads的两个部分比对到不同的基因组区域,而环状RNA的junction reads就是符合这样的要求,代码如下
STAR \ --genomeDir hg19_star_db/ \ --readFilesCommand gunzip -c \ --readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz \ --runThreadN 4 \ --chimSegmentMin 20 \ --chimScoreMin 1 \ --alignIntronMax 500000 \ --outFilterMismatchNmax 4 \ --alignTranscriptsPerReadNmax 100000 \ --twopassMode Basic \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --chimOutType SeparateSAMold \ --outFilterMultimapNmax 2 \ --outFileNamePrefix C1
虽然软件提供了一个名为runStar.pl
的脚本,但是由于STAR的版本问题,使用起来并不方便。该脚本本质上是对STAR的封装,直接用STAR就好了,参数设置可以参考脚本中的设置。
第二步就是预测环状RNA,代码如下
perl \ postProcessStarAlignment.pl \ --starDir star_out_dir \ --minLen 100 --outDir output_dir
运行完成之后,会三个文件,对应的后缀如下所示
_filteredJunctions.bed
_s_filteredJunctions.bed
_s_filteredJunctions_fw.bed
第一个文件为所有环状RNA的结果文件;第二个文件为剪切位点符合GT-AG剪切信号的环状RNA;第三个文件和第二个文件的环状RNA相同,只不过新增了环状RNA连接点附近的线性RNA平均测序深度信息。通常情况下,我们选择第二个文件的结果作为最终的环状RNA预测结果,该文件内容示意如下
看完上述内容,你们掌握circRNA_finder中如何识别环状RNA的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!