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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
Linux存在着许多不同的Linux版本，但它们都使用了Linux内核。Linux可安装在各种计算机硬件设备中，比如手机、平板电脑、路由器、视频游戏控制台、台式计算机、大型机和超级计算机。下面让我们一起去了解Linux TOP命令 按内存占用排序和按CPU占用排序。
Linux TOP命令 按内存占用排序和按CPU占用排序：
：在命令行提示符执行top命令
2：输入大写P，则结果按CPU占用降序排序。输入大写M，结果按内存占用降序排序。(注：大写P可以在capslock状态输入p，或者按Shift+p)
另外：
认识top的显示结果
top命令的显示结果如下所示：
top - 01:06:48 up 1:22, 1 user, load average: 0.06, 0.60, 0.48 Tasks: 29 total, 1 running, 28 sleeping, 0 stopped, 0 zombie Cpu(s): 0.3% us, 1.0% sy, 0.0% ni, 98.7% id, 0.0% wa, 0.0% hi, 0.0% si Mem: 191272k total, 173656k used, 17616k free, 22052k buffers Swap: 192772k total, 0k used, 192772k free, 123988k cached PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND 1379 root 16 0 7976 2456 1980 S 0.7 1.3 0:11.03 sshd 14704 root 16 0 2128 980 796 R 0.7 0.5 0:02.72 top 1 root 16 0 1992 632 544 S 0.0 0.3 0:00.90 init 2 root 34 19 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.00 ksoftirqd/0 3 root RT 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.00 watchdog/0统计信息区
前五行是系统整体的统计信息。第一行是任务队列信息，同 uptime 命令的执行结果。其内容如下：
01:06:48当前时间
up 1:22系统运行时间，格式为时:分
1 user当前登录用户数
load average: 0.06, 0.60, 0.48系统负载，即任务队列的平均长度。
三个数值分别为 1分钟、5分钟、15分钟前到现在的平均值。
第二、三行为进程和CPU的信息。当有多个CPU时，这些内容可能会超过两行。内容如下：
Tasks: 29 total进程总数
1 running正在运行的进程数
28 sleeping睡眠的进程数
0 stopped停止的进程数
0 zombie僵尸进程数
Cpu(s): 0.3% us用户空间占用CPU百分比
1.0% sy内核空间占用CPU百分比
0.0% ni用户进程空间内改变过优先级的进程占用CPU百分比
98.7% id空闲CPU百分比
0.0% wa等待输入输出的CPU时间百分比
0.0% hi
0.0% si
最后两行为内存信息。内容如下：
Mem: 191272k total物理内存总量
173656k used使用的物理内存总量
17616k free空闲内存总量
22052k buffers用作内核缓存的内存量
Swap: 192772k total交换区总量
0k used使用的交换区总量
192772k free空闲交换区总量
123988k cached缓冲的交换区总量。
内存中的内容被换出到交换区，而后又被换入到内存，但使用过的交换区尚未被覆盖，
该数值即为这些内容已存在于内存中的交换区的大小。
相应的内存再次被换出时可不必再对交换区写入。
进程信息区
统计信息区域的下方显示了各个进程的详细信息。首先来认识一下各列的含义。
序号列名含义
aPID进程id
bPPID父进程id
cRUSERReal user name
dUID进程所有者的用户id
eUSER进程所有者的用户名
fGROUP进程所有者的组名
gTTY启动进程的终端名。不是从终端启动的进程则显示为 ?
hPR优先级
iNInice值。负值表示高优先级，正值表示低优先级
jP最后使用的CPU，仅在多CPU环境下有意义
k%CPU上次更新到现在的CPU时间占用百分比
lTIME进程使用的CPU时间总计，单位秒
mTIME+进程使用的CPU时间总计，单位1/100秒
n%MEM进程使用的物理内存百分比
oVIRT进程使用的虚拟内存总量，单位kb。VIRT=SWAP+RES
pSWAP进程使用的虚拟内存中，被换出的大小，单位kb。
qRES进程使用的、未被换出的物理内存大小，单位kb。RES=CODE+DATA
rCODE可执行代码占用的物理内存大小，单位kb
sDATA可执行代码以外的部分(数据段+栈)占用的物理内存大小，单位kb
tSHR共享内存大小，单位kb
unFLT页面错误次数
vnDRT最后一次写入到现在，被修改过的页面数。
wS进程状态。
D=不可中断的睡眠状态
R=运行
S=睡眠
T=跟踪/停止
Z=僵尸进程
xCOMMAND命令名/命令行
yWCHAN若该进程在睡眠，则显示睡眠中的系统函数名
zFlags任务标志，参考 sched.h
默认情况下仅显示比较重要的 PID、USER、PR、NI、VIRT、RES、SHR、S、%CPU、%MEM、TIME+、COMMAND 列。可以通过下面的快捷键来更改显示内容。
更改显示内容
通过 f 键可以选择显示的内容。按 f 键之后会显示列的列表，按 a-z 即可显示或隐藏对应的列，最后按回车键确定。
按 o 键可以改变列的显示顺序。按小写的 a-z 可以将相应的列向右移动，而大写的 A-Z 可以将相应的列向左移动。最后按回车键确定。
按大写的 F 或 O 键，然后按 a-z 可以将进程按照相应的列进行排序。而大写的 R 键可以将当前的排序倒转。
sort 是将文件的每一行作为一个单位，相互比较，比较原则是从首字符向后，依次按照ASCII码值进行比较，默认将他们按照升序输出
降序
在输出中去重
将排序结果输出到原文件
sort的默认输出是输出到标准输出，如果想把结果输出到文件，需要 sort file newfile,但是如果想把结果输出到原文件这样就不行了，这时就需要 使用sort -o
以数值来排序
sort 默认是按照字符串排序的，这样就会出现10比3小的情况，sort -n 就可以告诉sort 以整数排序
-t 后面跟 分隔符
-k 后面跟数字，表示用第几列排序
如 sort -t : -k 2 表示把每行 以：号分割，按照第二列排序
banana:30:5.5
orange:20:3.4
apple:10:2.5
我们可以看到，当baidu 和soho都是100的时候，baidu排在前面，当当前域按照默认规矩，是从第一个域开始进行升序排序，因此baidu排在了sohu前面。
sort 支持 -k 2 -k3这种模式，如果你需要，你可以继续这么写下去
你仔细看看，在-k 3后面偷偷加上了一个小写字母r,r和-r的作用是一样，你也可以把前面的-n去掉 在r后面加上n,如下
其实-k 选项 功能很强大，语法[ FStart [ .CStart ] ] [ Modifier ] [ , [ FEnd [ .CEnd ] ][ Modifier ] ]
从逗号前后 分为两大部分，即-k 2,2，是严格使用第一个域排序，如果只设置-k 2 其实是按照从第一个域到行尾。逗号分开的每部分又有一个点表示子域，即-k 1.2表示 按照第一个域的第二个字符排序，Modifiers就是我们用到的n和r 如 -k 1.2nr 具体我们看下面的例子。
我们使用了-k 1.2，这就表示对第一个域的第二个字符开始到本域的最后一个字符为止的字符串进行排序。你会发现baidu因为第二个字母是a而名列榜首。sohu和 google第二个字符都是o，但sohu的h在google的o前面，所以两者分别排在第二和第三。这和之前说到的按照默认的排序规则 是不同的，当第一个域的第二个字符相同时，他不会去按照第一个字符排序，而是按照后面的字符排序，这是因为-k 1.2是对第一个域的第二个字符开始到本域的最后一个字符为止的字符串进行排序。而之前的夸域其实是一种假象。
-u只识别用-k设定的域，发现相同，就将后续相同的行都删除
但是这时候，却一行也没有删除。原来-u是会权衡所有-k选项，将都相同的才会删除，只要其中有一级不同都不会轻易删除的
可以用到b、d、f、i、n 或 r。
其中n和r你肯定已经很熟悉了。
b表示忽略本域的签到空白符号。
d表示对本域按照字典顺序排序（即，只考虑空白和字母）。
f表示对本域忽略大小写进行排序。
i表示忽略“不可打印字符”，只针对可打印字符进行排序。（有些ASCII就是不可打印字符，比如\a是报警，\b是退格，\n是换行，\r是回车等等）
