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首先你打算用什么技术来实现这个系统，先想好用哪些东西，是纯粹的jsp,servlet+javabean还是用到struts,spring等框架，将用到的技术想到后，再进行下一步.
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其次你要搭建基于你使用的开发技术的环境，如果用jsp,servlet,javabean的话只需要个tomcat类似的容器就行了，如果要用到struts或者spring等相关的框架的话，就去下载相关的文件，如果用EJB的话，去装个jboss或者weblogic等EJB容器.
再次，环境搭建好之后就进入真正的开发了，进行需求分析，uml建模，设计好层次结构，然后进行编码，编码好后进行测试，不断改进，最后交付使用了.
呵呵，如果你不懂的话现看看相关的资料再进行开发，不要茫无目的的动手编码。
如果你还没有开始学java,那么想在两个月内做一个好的项目是有点不太现实的. 语言是门艺术.要靠时间堆积 你才能领会他的真谛. 用的越多.代码自然越精炼.
但是毕业设计还要做. 如果你要给你项目的话就没什么意思了. 但是可以推荐你点课题.
我初学java时候做的是购物网站. 当然这个项目的关键地方就是购物车
还有其他的课题 像 图片浏览. 学生用的教学管理系统.等.
要想做的美观 你就离不开js的一些ui框架. 还有你要学的技术有很多. java 还有jsp ajax.
如果你不想用框架 要学servlet 框架的话就要花更多的时间了. 像 structs2 spring hibernate等等
还有最后必须要学的 就是sql 以及用java操作数据库. 这些都是很基础的东西.
最后点.java的强项是web 不建议用java做其他的事情.像gui编程的 那个远没有c++来的好看和强大.
如果你有java开发经验的话, 推荐做一些javaweb类型的毕业设计课题,
毕设毕设，最终的是毕业论文，代码什么的，谁看，就算看，大学老师们能看懂吗？他们也就看看你的演示效果，看看你的代码量，效果越牛皮，就越好
最重要的是论文，论文写的好，吹的厉害，自然好，老师们对于论文，他们随便看看就能知道问题所在，特别是对于学术性毕设题目
BS也就是web端，必不可少的就是要学习html，js，jq，servlet，ajax 差不多就这么多把。
开发时常在于你的熟练程度
1.解压你下载的销售系统.
2.找到里面的项目名 一般是英文或者拼音文件名
3.打开文件,查看里面是否是一个myeclipse项目文件.一般是有.myeclipse,.settings,.classpath,.mymetadata,.project 四个工程文件.(呵呵 一看就知道了).
4.打开myeclipse,在file下的import的弹出窗口里选择 General下的Existing Projects into Workspace 选择你刚刚解压的项目文件.
5.导入后可能会出现红叉,等右下框的process里的进度条没有时,如果还有红叉，看看项目里面的文件，如果是jsp报的红叉 可能是标签的原因造成的,可以不用管.右键你的项目 properties 点击 Java Build Path 看看里面的Source 编译的class路径选对没 是否是WebRoot 下的classes 文件夹，没有就需要建一个咯. 还有看看你的Library里的jar包等是否已经自动添加，如果一个也没有，需要手动添加,Add Jars 里面可以添加。
6.查看Java Compliler 下面选择的用的jdk 几编译的项目，改成你电脑里安装的jdk.
7.现在就需要配置数据库了,看看你下的项目里是否有说明使用的是什么数据库.
然后来看看你是否安装了如其所说的数据库.之后建立数据库,导入sql。完成数据库方面的配置,然后寻找项目中配置数据库连接的类或者页面,配置文件,将其中的什么url username password 等配置成你本机安装的数据库的url username,password 等等。完成后部署项目
8.使用tomcat 部署。将项目部署上，然后启动服务.如果控制台没有什么异常报出的话，大概可以打开浏览器 ： 项目名 一般就能看见项目的效果了.
9.你说的调试的话 在运行的时候就可以断点调试了。
以上说的有些多，但是较为详细了.希望对你有所帮助. 呵呵
我来推荐你一些题目，都是些实用而且新颖的题目，你可以参考试试，满意请给分。
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