1、在单实例的MySQL数据库中：
killall mysqld
mysqld_safe --skip-grant-tables &
mysql
update mysql.user set password=password("123456") where user='root' and host='localhost';
flush privileges;
quit
mysqladmin -uroot -p123456 shutdown
/etc/init.d/mysql start
成功！

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2、在多实例的MYSQL数据库中：
killall mysqld
vi /data/3306/my.cnf
在[mysqld]下添加：skip-grant-tables
/data/3306/mysql start
mysql -S /data/3306/mysql.sock
update mysql.user set password=password("123456") where user='root' and host='localhost';
flush privileges;
quit;
/data/3306/mysql stop
去掉/data/3306/my.cnf中[mysqld]下的skip-grant-tables
/data/3306/mysql start
mysql -uroot -p123456 -S /data/3306/mysql.sock
成功！
参考：http://blog.csdn.net/czz1141979570/article/details/78568080

网站名称：MYSQL单实例、多实例密码找回
网页网址：http://cdweb.net/article/gdpoch.html