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我在用（同一个机械硬盘），从XP+win7开始，供参考。现在是win7x86为涉及钱财的系统，只用作网银、网购等，win10x64其它用途。安装双系统，在另一系统中，用磁盘管理删除不用的盘符并修改要用盘符即可，至今尚未遇到两系统相互感染病毒的情况发生。如共4个逻辑盘，win7下c盘、d盘，另两个删除盘符则不可见；win10下C盘、D盘（与win7下c盘、d盘不是相同的逻辑盘，但盘符最好重复），另两个（win7下的c盘与d盘）删除盘符不可见。另外，用bitlocker加密似乎也可以。
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分别用FAT和NTFS两种文件系统格式化你的不同磁盘分区，再分别装上不同的系统，最好是98及以下系统装在FAT下，2000级以上系统装在NTFS下，这样可以达到你说的那个效果，此时低一级不能看高一级系统的文件，高一级的可以看低一级的文件。
修改了！！！
xp和2003对FAT和NTFS都是兼容的，在用系统管理员的身份登陆到哪个系统都是可以看见另一个系统的文件的。
你可以试试对不同系统的文件进行隐藏属性的设置，在另一个系统可以看见隐藏文件，另一个系统部可以看见隐藏文件，不见可以实现你要的效果了吗。
再者，你好可以试试对不同系统进行用户登录设置，控制用户的访问控制权限和登录密码，两个系统都要设，建议是一个是系统管理员权限一个是一般用户权限。这样可以使你对两个系统，两种用户进行全权控制。
这两个办法都不用对文件系统（FAT\NTFS）有任何的改变。
首先得每块硬盘都得有独立的操作系统，同时接上时分第一硬盘，第二硬盘，把第二硬盘的系统引导写入第一硬盘当中，也就是所谓的添加第二块硬盘中的系统到开机菜单上，最后分别进入每块硬盘的系统中，把另外一硬盘禁用即可。这个可以到系统的设备管理器中设置。
