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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
1. 使用file命令：file filename，如果文件类型为“ASCII text”，则表示文件为纯文本文件。
2. 使用head命令：head -n 1 filename，如果文件的第一行以字母或数字开头，则表示文件为纯文本文件。
3. 使用od命令：od -c filename，如果文件以可打印字符开头，则表示文件为纯文本文件。
4. 使用strings命令：strings filename，如果文件以可打印字符开头，则表示文件为纯文本文件。
5. 使用grep命令：grep -v “^$” filename，如果文件中包含可打印字符，则表示文件为纯文本文件。
1．列出文件清单命令：ls
ls命令能够列出当前目录下的所有内容。ls 命令的执行方式为：
# ls [-选项] [文件名或者目录名]
进入到Linux命令行中后，我们至少要知道当前所处的位置有哪些内容，这些信息就可以使用ls命令来获得。
在Linux中，ls命令是最常使用的命令之一，因为在命令行下要随时查看目录内容。如果不加任何选项的话，ls命令仅列出当前目录下的文件和目录名，例如，想要查看/etc目录下的内容，可以使用下列命令：
# ls /etc
如果想要列出当前目录下所有文件，则可以使用下列命令：
# ls -a
2、cat命令
功能：在标准输出上显示文件。
语法：cat [-vTEuAte] 文件
例子： cat example.txt
cat -A exam2.txt
cat file1 file2 file2
3、more命令
功能：在终端屏幕按屏显示文本文件。
语法： more [-pcdls] 文件
例子： more example.c
more -dc example.c
more -c -10 example.c
4、less命令
less命令的功能几乎和more命令一样，也是用来按页显示文件，不同之处在于less命令在显示文件时允许用户既
可以向前又可以向后翻阅文件。
5、head命令
功能：显示指定文件的前若干行。缺省设置为显示10行
语法：head [-n] 文件
例子： head example.c
head -3 example.c
6、tail命令
功能：显示指定文件的末尾若干行。缺省设置为显示10行
语法：tail [+ / - num ] [参数] 文件
＋num 从第num行以后开始显示。- num 从距文件尾num行处开始显示。
例子： tail example.c
tail -4 example.c
7、grep、fgrep和egrep命令
功能：
这组命令以指定模式搜索文件，并通知用户在什么文件中搜索到与指定的模式匹配的字符串，并打印出所有包含该字符串的文本行，在该文本行的最前面是该行所在的文件名。grep命令一次只能搜索一个指定的模式；egrep命令检索扩展的正则表达式（包括表达式组和可选项）；fgrep命令检索固定字符串，它不识别正则表达式，是快速搜索命令。
语法：
grep [-EFbcihlnvxef] [查找模式] [文件名1，文件名2，……]
egrep [选项] [查找模式] [文件名1，文件名2，……]
fgrep [选项] [查找模式] [文件名1，文件名2，……]
例子： grep "text file" example
grep data *
grep goto *.c
